这是很多留学生或者工作人士在申请日本签证时关心的问题。根据日本移民法规定，外国人前往日本旅行或者停留需要办理签证，签证种类繁多，停留时间也因签证种类不同而异。三年签证是日本移民局颁发的“日本留学（大学院）”，“日本工作（高度专业人才）”等签证种类的一种。
首先，根据日本国内法律，持有日本三年签证的外国人的停留期限为最多5年，而不是3年。但是，根据签证种类的不同，停留时间也不尽相同。一般而言，留学签证的停留时间为入境日到留学期满日期之间的日数；工作签证的停留时间则是在3年内可以随意进出日本，但每次进入日本的时限为每次不超过90日，其余时间可以在境外活动。
其次，申请签证的过程中，外国人需要提交足够的材料来证明个人的真实性和合法性。对于签证申请者来说，首先需要进行日本语言的考试，以证明自身具备进入日本的语言能力。申请者还需要提交本人的护照、照片等个人身份证明。除此之外，申请人还需要提交《在留期间变更申请书》等申请材料。当所有材料都齐备之后，申请人需要等待日本移民局的审批结果。
最后，对于持有三年签证的外国人而言，办理签证之后还需要遵守日本国内的法律和相关规定。外国人在日本的一些社会行为规范、日常生活习惯等方面也要做出一定的调整以遵循当地法律法规。
总之，持有日本三年签证的外国人可以在3年内随意进出日本，但每次进入日本的时限为每次不超过90日。在申请签证的过程中，申请人需要提交足够的材料证明自身的真实性和合法性。在进入日本的时候，外国人还需要遵循日本国内的法律和相关规定。
